Принц изменил свою судьбу, убил стража Времени Дахаку и возвращается в Вавилон вместе с Императрицей Кайлиной (сюжет основывается на второй, более "счастливой" концовке Prince of Persia: Warrior Within), но Вавилон захвачен армией врага. Позже корабль Принца и Кайлины попадает под удар врага. Кайлину похищают, а Принц идёт на её поиски. Выясняя, в чем дело, Принц узнает, что в городе орудует его давний враг - визирь предатель.